Normalmente las placas permiten configurar por separado su controladora (en tu caso en modo RAID) y la controladora del chipset (que en tu caso podría estar en AHCI sin problemas en principio), yo le echaría un ojo, seguramente sean 5 minutos de cacharreo.
¿Por qué es importante tener un SSD en modo AHCI? Por rendimiento casi que te da igual, se gana, aunque "a ojo" no se nota mucho, PERO debes tener en cuenta que los comandos TRIM no pueden pasarse a un disco en modo IDE emulado. A corto plazo no es ningún problema, a largo plazo la degradación extra que tiene un SSD en el que las operaciones de borrado se ejecutan al instante, es significativa.
Sobre las optimizaciones, no te preocupes demasiado, de todas formas la mejor guía para mi gusto si de verdad quieres afinar es esta:
http://thessdreview.com/ssd-guides/opti ... n-guide-2/ No hagas todo lo que dice, simplemente lee y mira a ver lo que te interesa y lo que no. Nota que el resultado en benchmark no va a mejorar, las optimizaciones suelen estar más orientadas a aumentar la durabilidad y reducir degradación, y lo más importante de muy lejos aquí es tener TRIM operativo.
Saludos