Puede parecer lioso por la cantidad de cables pero no tiene ninguna complicacion, vamos a ello.
Deberias tener, visto desde atras, algo parecido a esto:

Bien, el conector molex (el más grande) es el que va a la fuente de alimentacion para alimentar (valga la redundancia) al propio aparato y a los ventiladores.
Los ventiladores van en los enchufes de fan, ponlos en el orden que quieras verlos en la pantalla. Si alguno de tus ventiladores no usa ese tipo de enchufe sino que va directamente a la fuente... no es tu dia de suerte xD, no se pueden ver rpms y seria raro que el rehobus los detectara incluso con un adaptador... siempre puedes comprar otros ventiladores en el peor de los casos, pero si no hacen ruido dejalos sin regular.
Respecto a las sondas, te digo lo mismo, ponlas en el orden que quieras verlas, en los sitios que quieras monitorizar, como breve guia:
La primera lo más lógico suele ser el procesador, donde yo la tengo (uno de los mejores sitios para mi gusto) es en un lateral, dentro de la caja de metal del socket, da unas temperaturas muy proximas a las del chip y no molesta, NUNCA se debe poner ni entre procesador y disipador ni apaños raros, siempre al lado donde quede bien.
La/s siguiente/s pueden estar bien en la gráfica, normalmente por el reverso están los anclajes del procesador, cuya temperatura es bastante similar a la del disipador, y es un sitio muy razonable
Luego otra a la ram, otra a los discos duros por si acaso, y si te sobra una al northbridge mismamente
Resumiendo, que las pongas donde te salga, pero ahi tienes unas pocas ideas jeje
Saludos
PD. Por cierto se me olvidaba comentarte, muchas placas dan un mensaje de error al arrancar sin un ventilador conectado en la placa como ventilador de cpu, puedes configurar en la BIOS para que no salga, y muchas veces con los rehobus (por ejemplo com mi zalman zm-fc1 venia) un puente para que la placa "vea" el ventilador aunque lo controles tu, y sino siempre lo puedes enchufar directamente a la placa y controlarlo por software que suele ir bastante bien, y usar el rehobus con el resto que suelen ser mas jodidos de regular que el de CPU