En este tutorial voy a suponer que el perfil de Windows es el más completo (y el que queremos mantener y tener en ambos sistemas operativos); y además, voy a suponer que desde Ubuntu podemos tener acceso a la partición NTFS de Windows.
Desde Ubuntu modificamos el acceso directo de Mozilla Firefox, o lo que es lo mismo, pulsamos el botón derecho sobre el icono de Aplicaciones -> Internet > Mozilla Firefox (o el que hayamos creado en el escritorio o inicio rápido) y luego pulsamos Propiedades.
En el espacio donde nos ofrece poner el comando para ejecutar la aplicación; en Ubuntu el comando por defecto es firefox, a secas o con %u añadido (esto es más antiguo); añadimos --profilemanager y aceptamos los cambios. Deberá quedarnos firefox --profilemanger. Aceptamos los cambios.

Ahora abrimos el enlace y veremos que antes de abrise ninguna ventana de navegación nos saldrá una pequeña ventana para modificar los perfiles de Firefox. Los perfiles de Firefox son útiles pues cada persona en un mismo ordenador puede tener su propio perfil del navegador, ergo tener sus propios marcadores, contraseñas y complementos. También es útil para nuestro caso, puesto que es fácil de controlar.
Si el perfil que tenemos en Ubuntu no es útil, o el que vamos a importar es más útil, borramos el perfil existente y NO BORRAMOS LOS ARCHIVOS DEL PERFIL (nos pregunta si queremos borrarlos después de haber pulsado Delete Profile...), ya que no ocupan demasiado espacio y quizás guardemos algo más importante de lo que pensamos. De otro modo, si estamos seguros de que no tiene nada importante podemos pulsar "borrar archivos" . Esta acción evitará conflictos a la hora de seleccionar el perfil predeterminado. Otra opción es cambiar la terminación de la carpeta del perfil de Ubuntu quitando .default del final. La carpeta de perfiles de Firefox en Ubuntu está en /home/.mozilla/firefox/profiles.

Aclaración: Si eliminamos el perfil, pero no los archivos, siempre podremos crear un nuevo perfil con los datos antiguos seleccionando la carpeta correspondiente, es como borrar el enlace directo al perfil desde Firefox, nada más.
Pulsamos sobre el botón Create Profile... -> Next.
Ponemos el nombre de perfil que queramos y pulsamos sobre el botón Choose Folder.... Ahora seleccionamos C:\Documents & Settings\Usuario\Datos de programa\Mozilla\Firefox\profiles\xxxxxxx.default . Ahora pulsamos siguiente hasta que volvamos al configurador de perfiles, luego cerramos el navegador.
Una vez hecho esto, modificamos de nuevo el acceso directo de Firefox borrando --profilemanager del espacio para poner el comando.
Cuidado, si tenemos complementos en el perfil de Windows, quizás Ubuntu se pelee con ellos, dejando paso a una batalla campal entre el bien y el mal. Si nos aparecen errores al inciar Firefox, seguramente se deberá a eso, de otro modo, es que todo ha ido bien. ¡Este método también sirve para Mozilla Thunderbird!
Con todo esto, siempre tendremos sincronizado el perfil desde Windows y desde Ubuntu. Aunque debemos tener en cuenta que cualquier cambio que hagamos en uno, también se verá reflejado en el otro. Además, si tenemos la partición de Windows hibernando, no podremos tener acceso al perfil desde Ubuntu, ya que está dentro de la partición NTFS. Si soléis hibernar a menudo, una opción es crear una partición FAT32 pequeña de intercambio entre Windows y Ubuntu.
Cualquier duda, no dudéis en escribirla aquí mismo.